На финансова инспекция подлежат всички бюджетни организации включително и органите на съдебната власт; всички държавни предприятия по чл. 62, ал. 3 от Търговския закон; търговските дружества с блокираща квота държавно или общинско участие в капитала, както и техните дъщерни дружества, в които притежават блокираща квота; юридическите лица, които имат задължения, гарантирани с държавно или общинско имущество; юридическите лица по Закона за юридическите лица с нестопанска цел и неперсонифицираните сдружения, в които държавата или общината участват пряко или косвено в имуществото им; лицата, финансирани със средства от бюджета или със средства от ЕС, както и лицата, за които друг специален закон предвижда, че подлежат на финансова инспекция по ЗДФИ. Съгласно Закона за енергетиката финансови инспекции и проверки се извършват и в енергийните предприятия, осъществяващи дейности при регулирани, включително при преференциални цени на електрическа енергия. На контрол от органите на агенцията подлежат само производителите на електрическа енергия, притежаващи централа с обща инсталирана електрическа мощност над 1 MW.
Финансовите инспекции се извършват по подадени от държавни органи, физически и юридически лица молби, жалби и сигнали за нарушения на бюджетната, финансово-стопанската или отчетната дейност на горепосочените организации и лица, по искане на Министерския съвет или на министъра на финансите и при възлагане от органите на прокуратурата по реда на Закона за съдебната власт.
През 2011 г. са приети изменения на Закона за държавната финансова инспекция в отговор на констатациите в Четвъртия годишен доклад на ЕК от м. юли 2010 г. за напредъка на България по механизма за сътрудничество, както и на мерките за изпълнение на препоръките в областта на съдебната реформа, борбата с корупцията и организираната престъпност. Измененията регламентират нова функция по извършване на финансов контрол в областта на обществените поръчки - въз основа на годишен план, изготвен след анализ и оценка на рискови фактори. Плановият подход цели превенция и намаляване на риска от безконтролното разходване на публичните финанси, дисциплиниращ ефект върху възложителите на обществени поръчки и осигуряване на правна възможност на органите на АДФИ за разширяване обхвата на контрола и насочването му към най-рисковите възложители на обществени поръчки.
Финансовата инспекция проверява проведени процедури за обществени поръчки и въз основа на информация от Регистъра на обществените поръчки, Агенцията по обществени поръчки и Сметната палата, както и усвояването на държавни помощи и разходването на целеви субсидии, предоставени по закона за държавния бюджет за съответната година и по постановления на Министерския съвет. Финансови инспекции се извършват и по сигнали за нарушения, засягащи финансовите интереси на Европейските общности, установени от Централното звено за координация на борбата с правонарушенията към Министерството на вътрешните работи.