Дирекцията регистрира всяко конкретно искане за възлагане на финансова инспекция в информационната система на агенцията. Организира дейността на постоянната комисия за разглеждане на молби, жалби и сигнали и изготвя отговори до подателите относно решенията на комисията. Анализира причините и условията за установените при финансова инспекция нарушения на финансовата дисциплина и предлага на компетентните органи мерки за отстраняването им. Дирекцията организира обмена на информация и сътрудничеството на агенцията със Сметната палата относно проверените и подлежащите на финансови инспекции или одит възложители на обществени поръчки. Подпомага директора при организирането, извършването и докладването на дейността му като член на Съвета за координация в борбата с правонарушенията, засягащи финансовите интереси на Европейския съюз (АФКОС).